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兩天完成泛癌基因組體細(xì)胞突變靶向重測(cè)序擴(kuò)增子建庫(kù)

TruSeq Amplicon - Cancer Panel

英文名稱：TruSeq® Amplicon - Cancer Panel，縮寫(xiě)TSACP

中文名稱：TruSeq 擴(kuò)增子法癌癥Panel

用途：癌癥基因組體細(xì)胞突變擴(kuò)增子建庫(kù)試劑盒，適用于FFPE樣本。

TruSeq Amplicon - Cancer Panel 提供預(yù)先設(shè)計(jì)的、優(yōu)化的寡核苷酸探針，富集212個(gè)擴(kuò)增子來(lái)檢測(cè)48個(gè)癌癥相關(guān)基因中的突變區(qū)域。

TruSeq Amplicon - Cancer Panel能夠?qū)Π˙RAF，KRAS和EGFR在內(nèi)的重要癌癥相關(guān)基因進(jìn)行高度敏感的突變分析。這些基因突變與許多癌癥有關(guān)，包括黑色素瘤，結(jié)直腸癌，卵巢癌和肺癌。這種檢測(cè)方法從珍貴的FFPE樣品篩選這些重要變異的*能力將從多種腫瘤中解開(kāi)大量基因組信息。

The TruSeq Amplicon - Cancer Panel enables highly sensitive mutation detection studies of important cancer-related genes, including BRAF, KRAS, and EGFR. Mutations in these genes are linked to many cancers, including melanoma, colorectal, ovarian, and lung cancer.

TSACP特點(diǎn)

提供預(yù)先設(shè)計(jì)的，優(yōu)化的寡核苷酸探針，用于測(cè)序> 35千堿基（kb）的靶基因組序列中的突變熱點(diǎn)。

在高度多重的單管反應(yīng)中，用212個(gè)擴(kuò)增子靶向48個(gè)基因。

對(duì)來(lái)自選定基因（如BRAF，KRAS和EGFR）的數(shù)百個(gè)癌癥熱點(diǎn)進(jìn)行測(cè)序。

兩天內(nèi)完成基因組DNA的全面分析數(shù)據(jù)。

zui準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)能夠可靠地檢測(cè)低于5％的突變頻率。

使用簡(jiǎn)單的儀器上自動(dòng)分析軟件對(duì)所有樣品進(jìn)行變異調(diào)用和分析。

TSACP應(yīng)用

泛癌分析：快速高效地發(fā)現(xiàn)、驗(yàn)證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。

TSACP參數(shù)

分析時(shí)間 8 hours

手動(dòng)操作 3.5 hours

加樣量 150 ng high-quality genomic DNA, 250 ng FFPE genomic DNA

測(cè)序儀 MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx in Research Mode

核酸 DNA

特別樣本 FFPE Tissue 福爾馬林固定包埋組織

突變類(lèi)型Insertions-Deletions (indels), Somatic Variants

種屬 人

癌癥類(lèi)型 Pan-Cancer 泛癌

方法 擴(kuò)增子測(cè)序 靶向基因測(cè)序Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing

TSACP適用樣本

高質(zhì)量基因組DNA：250ng（推薦），150ng（zui低）

FFPE基因組DNA：250ng （zui低）

簡(jiǎn)化的操作流程

TSACP將一些操作流程簡(jiǎn)化，包括FFPE樣品的DNA質(zhì)量控制分析，簡(jiǎn)單磁珠樣品標(biāo)準(zhǔn)化，自動(dòng)化簇生成和雙端測(cè)序以及儀器上的數(shù)據(jù)分析。利用MiSeq系統(tǒng)的長(zhǎng)雙端讀取能力，速度和高數(shù)據(jù)質(zhì)量，現(xiàn)在可以在幾天內(nèi)完成整個(gè)項(xiàng)目，而不是幾個(gè)月。

樣本質(zhì)控—樣本目標(biāo)基因的擴(kuò)增子獲得—擴(kuò)增子測(cè)序和分析

擴(kuò)增子獲得流程：

一對(duì)寡核苷酸用來(lái)獲得一個(gè)擴(kuò)增子。將這些寡核苷酸雜交至未片段化的基因組DNA（96孔板），隨后進(jìn)行延伸和連接以形成DNA模板（帶引物序列的目標(biāo)區(qū)域）。使用隨試劑盒提供的索引接頭，文庫(kù)被索引，PCR擴(kuò)增，然后在測(cè)序之前pool到單個(gè)試管中。

A癌癥panel寡核苷酸探針的雜交

B延伸和連接

C通過(guò)PCR添加索引（indexes）和測(cè)序接頭

D收獲準(zhǔn)備測(cè)序的擴(kuò)增子

TSACP性能規(guī)格

Panel 大小35 kb；內(nèi)容 212 amplicons；擴(kuò)增子大小 170–190 bp；DNA Input 250 ng

Assay Time < 7 hrs, 2.5 hrs hands-on；Enrichment Specificity > 85%；Coverage Uniformity > 85% at 0.2× mean

Dropouts* 0 （Dropouts are defined as amplicons having no sequencing coverage when the sample achieves a mean sequencing depth of > 1000×.）

TSACP目標(biāo)基因列表

名詞解釋：Pan-Cancer（泛癌）

基因組圖譜泛癌計(jì)劃：由于起源部位、細(xì)胞類(lèi)型、基因突變形式的不同,腫瘤可表現(xiàn)出不同的形態(tài)。這些因素同時(shí)影響腫瘤的治療效果。雖然已經(jīng)證實(shí)許多基因的改變直接導(dǎo)致了表型的改變,然而,許多腫瘤譜系中復(fù)雜分子機(jī)制依然未*闡明。因此,腫瘤基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）研究網(wǎng)絡(luò)分析了大量人類(lèi)腫瘤,以期發(fā)現(xiàn)DNA、RNA、蛋白質(zhì)和表觀遺傳學(xué)水平的分子改變。含豐富數(shù)據(jù)的結(jié)果給我們提供了一個(gè)機(jī)會(huì),對(duì)整個(gè)腫瘤譜系的共性、個(gè)性及新觀點(diǎn)形成一個(gè)整體描繪?；蚪M圖譜泛癌計(jì)劃zui先比較了12種腫瘤類(lèi)型。對(duì)不同腫瘤分子改變及其功能的分析,未來(lái)會(huì)告訴我們?nèi)绾螌⒂行У闹委煼椒☉?yīng)用于類(lèi)似基因表型的腫瘤。

TruSeq Amplicon - Cancer Panel Kit 組件 (FC-130-1008)：

四個(gè)試劑盒包括兩個(gè)Pre-Amplification、一個(gè)Post-Amplification和一個(gè)TruSeq Amplicon - Cancer Panel Oligo Kit, Pre-Amplification試劑盒。

TSACP訂購(gòu)信息

TSACP搭配試劑：

Illumina FFPE QC Kit WG-321-1001

TruSeq Custom Amplicon Index Kit (96 indices, 384 Samples) FC-130-1003

MiSeq Reagent Kit (300-cycles - PE) MS-102-2002

可選: TruSeq Index Plate Fixture and Collar Kit (2 Each) FC-130-1007

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